商会秘书处是理事会的日常办事机构，下设综合运营部、会员部、展览一部、展览二部、商事认证中心5个部门。

综合运营部

负责商会的日常运营管理，媒体宣传，信息化建设，各类会议、活动的组织实施，各类项目的开发、活动招商策划、商务合作以及承接政府转移的服务项目。

（联系人：简帆  0592-2218830）

会员部

负责会员发展和会费收缴，组织实施理事会、联络员会议等机制性会议，负责各地国际商会和境内外对口机构的联络。为会员提供差异化、定制化服务。

（联系人：张琳琳  0592-2224509）

展览一部、展览二部

负责境内外展会计划制定及组织工作;为企业开拓海外市场提供展会咨询，帮助企业寻找优质展览项目，组织企业参展，并为企业参展提供全流程服务。

（联系人：林耀宗  0592-2218831，韩涵  0592-2270273）

商事认证中心

签发原产地证、ATA单证册、商事证明书、出口商品品牌证明书、信用认证、自由销售证明等商事认证，提供企业合规、商事调解、仲裁、知识产权保护等各类法律服务。

（联系人：王小梅  0592-5111360）

商会还下设有四个专业委员会，分别是跨境电商专业委员会、金融服务专业委员会、文化（影视动漫）产业委员会、法律服务专业委员会。